A mio parere tutto dipende dal tuo stile di guida, se come me preferisci viaggiare in surpalce per tipologia di motore il boxer non ha eguali, se sei più motociclista da "coltello tra i denti" allora forse (e dico forse, perché comunque BMW è ugualmente valida) ti conviene la Multistrada.
Quanto al modello di GS il 2016 non dovrebbe presentare nessuna pecca particolare (sopratutto è euro 3 e non scalda come le euro 4, che comunque rispetto ad altre moto è uno "scaldare" relativo)
Sugli optional non saprei dirti, si sicuro le BMW conservano il valore ed acquisiscono rivendibilità quando sono "full", per Ducati credo che sia la stessa identica cosa, la mts 950 s ha tutto quello che puoi chiedere ad una moto (sospensioni semiattive comprese)
Credo che come tu scelga scelga non farai errori, il mio consiglio è comunque provarle entrambe; solo così ti renderai conto di quale sia più congeniale a te.
P.S. ho avuto sia Ducati (Monster 1100 - Hyperstrada, MTS 1200 versione 150 cv ante DVT) che BMW (GS 1200 standard, 1200 ADV, il top), ora come ora Ho una 1250 ADV e la reputo la miglior moto mai avuta.
Spero di esserti stato un pochino utile..