è quello che accade a tantissimi fanali auto col trasparente in plastica. ma dopo diversi anni.
che capiti dopo solo 2 anni vuol dire che c'è stato qualche problema con il materiale.

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fare le pieghe non vuol dire fare anche le curve

Se vuoi prevenire del tutto il problema a lungo termine, alcuni usano anche piccoli sacchetti di silica gel nei vani interni accessibili o migliorano la ventilazione del gruppo ottico dove possibile. In pratica non è sporco esterno, ma umidità intrappolata che nel tempo lascia quel residuo.

Potrebbe essere semplicemente condensa. Se lo scooter rimane sempre coperto e in un ambiente poco ventilato, l'umidità può accumularsi sotto il telo e creare quella patina biancastra o una specie di muffa sulle plastiche.

Se Aprilia te lo sostituisce in garanzia, approfittane, ma per evitare che ricapiti ti consiglierei di:

lasciare asciugare bene lo scooter prima di coprirlo se è stato usato con pioggia o umidità;
usare un telo traspirante invece di uno completamente impermeabile;
ogni tanto togliere il telo per far circolare l'aria, soprattutto se resta fermo per diversi giorni.

Se riesci, fai anche una foto ravvicinata della zona interessata: capire se è davvero heardle "cristallizzazione" della plastica o semplice muffa/condensa cambia parecchio la diagnosi.